スパコン富岳で迫る新薬開発手順1 新冷戦(84)

スパコン富岳で迫る新薬開発手順1
         新冷戦(84)




ごく最近の既存薬のニュースですが、「レ
ムデシビル」を新型コロナの重症者に投与
すると死亡率が6割下がったということで
す。まずはよかったですね。レムデシビル
はアメリカのギリアド・サイエンシズ社が
エボラ出血熱のために開発した薬ですが、
現在は使われていません。日本の厚生労働
省に新型コロナの治療薬として5月に申請
があり、承認しました。日本でも使われて
いるはずです。


このブログの前ページでは、アメリカの研
究所が新型コロナには酵素のキナーゼに作
用する薬が効果があるのではないかという
お話でした。新型コロナの治療薬の開発に
力を注いでいるようでした。日本でも治療
薬を目指しているニュースがありました。
最近、世界一速いコンピュータ、スパコン
と認められた「富岳」があります。これに
既存薬を探索してもらったということなん
です。


スパコン世界一は、科学技術目的のコンピ
ューターであり、4つの部門で競うという
ことです。富岳は6月23日(ヨーロッパ時
間6月22日)に4つすべての部門で2位を引
き離して1位となり、世界一と認定された
ということです。理化学研究所と富士通の
共同開発ということです。まだ世界一に輝
いて間もないのですが、既存薬2,128種類
の中から、新型コロナウイルスの標的タン
パク質と高い親和性を示す治療薬候補を探
索したということです。富岳はこれを約10
日で終えたのですが、ソフトウェアのチュ
ーニングが富岳用にできると2日程ででき
るということです。


その内容は新型コロナウイルスが増殖する
ときに必要とする酵素タンパク質「メイン
プロテアーゼ」を標的にして、既存薬
2,128種の分子シミュレーション(分子動
力学計算)を富岳にしてもらったというこ
とです。


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竜巻・ネブラスカ州2014年6月の15

貿易戦争5月26・竜巻・ネブラスカ州2014年6月16日の15.PNG





スパコン「富岳」、わずか10日で2,000種類超の新型コロナ治療薬候補を選別

配信


貿易戦争5月26・富岳4・奥野教授.PNG

奥野恭史教授  写真:Impress Watch



 理化学研究所(理研)は、スーパーコンピュータ「富岳」を活用し、新型コロナウイルス感染症の治療薬の候補となりうる数十種類の物質を発見したと発表した。

7月3日、オンラインで開催した「新型コロナウイルスの治療薬候補同定」の中間報告のなかで、理化学研究所 科技ハブ産連本部医科学イノベーションハブ推進プログム副プログラムディレクターであり、京都大学大学院医学研究科教授の奥野恭史氏が明らかにした。

 【この記事に関する別の画像を見る】 

 奥野教授は、「1つの標的タンパク質に対するすべての薬剤での評価が終了し、興味深い結果が出た。残り3つの標的タンパク質においても同様の評価をしたい」とする一方、

「数千規模の化合物とタンパク質の作用(結合)過程を、分子動力学計算レベルで計算した事例は世界でもはじめてであり、学術的にインパクトがある」と発言。

  さらに、「今回の結合シミュレーションには約10日間を要したが、ソフトウェアのチューニングが富岳用にできていないかたちで実施したものである。チューニングができれば、将来的には2日程度で計算が完了すると考えている。1週間あれば、1万以上の薬剤が評価できるようになり、創薬の世界を大きく変えることができる」と述べた。


■新型コロナウイルス対策で優先的に富岳を利用

 富岳は、2020年5月13日に搬入が完了し、2021年度からの共有運用に向けた準備が進んでいるが、2020年4月から、文部科学省との連携により、新型コロナウイルスの対策に貢献する研究開発に対し、富岳の整備に支障がない範囲で、約6分の1のリソースを優先的に供出。

今回発表したのは、そのなかで進められている実施課題の1つである「『富岳』による新型コロナウイルスの治療薬候補同定」の成果となる。

  この取り組みでは、富岳を用いた分子シミュレーション(分子動力学計算)により、2,128種類の既存医薬品のなかから、新型コロナウイルスの標的タンパク質と高い親和性を示す治療薬候補を探索し、同定するものだ。

  対象となった2,128種類は、臨床試験の対象となっている既存の抗ウイルス薬に限定せず、抗がん剤や糖尿病薬なども対象にシミュレーションを実施したという。


スパコン「富岳」による新型コロナ治療薬候補の探索、同定

貿易戦争5月26・富岳1・2000種を分析.PNG



  また、評価の対象としたのは、新型コロナウイルスの標的タンパク質の1つである「メインプロテアーゼ」。新型コロナウイルスが、接触し、侵入し、増殖するという過程がのうち、増殖する上で働く酵素タンパク質である。アビガンやレミレシビルの標的タンパク質とは異なるものだという。

  理研では、今後、メインプロテアーゼ以外の標的タンパク質でも、同様に薬剤の作用過程を計算するという。8月中には、これらの計算も完了したい考えだ。

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★ブロンズ像 マリリン・モンロー
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